Российский историк спецслужб. В конце 1980-х до середины 1990-х годов участвовал в левом неформальном движении. Входил в руководство Социалистической партии (Б. Кагарлицкого) и Партии труда.
Публиковался в ленинградских газетах и журналах. С 1994 года начал сотрудничать с издательством «Современник» (Москва). Выпустил в нём в серии «Жестокий век» мемуары советских перебежчиков, снабдив их своими комментариями и послесловиями В 1998 году редактировал журнал «Секретное Досье» (Санкт-Петербург). С 2000 году ведущий редактор издательства «Нева» (Санкт-Петербург). С 2003 года главный редактор, зам. директора издательства «Яуза» (Москва). С 2012 года главный редактор издательства «Алгоритм» (Москва).
Автор и соавтор более 20 книг по истории отечественных спецслужб и истории СССР. В том числе «Империя ГРУ», «Двойной заговор», «Главный противник», «Внешняя разведка России», «Энциклопедия военной разведки России», «Энциклопедия секретных служб России», «Спецназ ГРУ» и т. д. Автор и консультант более 20 сценариев документальных фильмов по истории, в основном советской разведки.
27 сентября 2013 года в отношении Колпакиди и директора издательства «Алгоритм» С. В. Николаева было возбуждено уголовное дело по части 2 ст. 282 УК РФ (возбуждение ненависти либо вражды или унижение достоинства человека по национальным, расовым, религиозным признакам с использованием при этом служебного положения) в связи с выпуском издательством в 2012 году книг Бенито Муссолини (в том числе «Доктрины фашизма»), а в 2013 году — романа Йозефа Геббельса «Михаэль. Германская судьба в дневниковых листках». 10 марта 2015 года Басманный районный суд Москвы приговорил Николаева к штрафу в 200000 рублей, а Колпакиди — к штрафу в 150000 рублей. Сам Колпакиди считает, что эти книги были изданы, как представляющие историческую ценность, и в них нет возбуждения ненависти и призывов к насилию. Кроме того, роман «Михаэль» поступил в продажу в январе 2013 года, а внесён в Федеральный список экстремистских материалов решением того же Басманного суда лишь 22 октября 2013 года. Изданные же мемуары Бенито Муссолини не запрещены; в изданном «Алгоритмом» сборнике имеется лишь фрагмент запрещенной «Доктрины фашизма», в котором нет ни единой строки, возбуждающей ненависть.
Взгляды
Неоднократно выступал с критикой украинствующих историков и т.н. украинского национализма, а также активно разоблачает антисоветские мифы нынешнего режима.
